UE Modélisation en Biologie, ENSIMAG 2A

Mini-projet: Algorithmes de Smith-Waterman et de Gotoh pour l'alignement de séquences




Contexte

L'UE Modélisation en Biologie (2A ENSIMAG) comporte 4 mini-projets, cette page concerne le mini-projet intitulé "Algorithmes de Smith-Waterman et de Gotoh pour l'alignement de séquences" dont je suis responsable.
Pour les autres mini-projets, voir la page de l'UE (accès intranet ENSIMAG nécessaire).

Objectifs

Comparer deux séquences biologiques (ADN, ARN, protéines) est une tâche essentielle en bioinformatique afin d'identifier les régions homologues ou similaires, et de quantifier leur similarité. Dans ce mini-projet nous étudierons et implémenterons en C un algorithme classique d'alignement de séquences: une extension de l'algorithme de Smith-Waterman, et l'appliquerons sur quelques exemples choisis.

Liens utiles

28/02/2017: Une archive avec l'énoncé, les slides de la première séance, le code et les exemples.
L'archive contient également les exécutables swDnaLinear_ntm, swDnaAffineLongGaps_ntm et swProtAffine_ntm qui vous permettent de comparer/valider vos implémentations, et de traiter les questions de l'énoncé même si vous ne parvenez pas à tout faire.

01/03/2017: Petit code printStrings.c pour illustrer le remplissage partiel et à l'envers de strings, cf mon email d'aujourd'hui.

Contact

Nicolas Thierry-Mieg, email: Nicolas.Thierry-Mieg<at>imag<dot>fr