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- Vincent Breton – Lydia Maigne
- Journée Ciment-GRID
- 20/2/03
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- morphological imaging=
(MRI,
scanner, X-rays…)
- detailed information=
about
the patient anatomy
- Functional imaging (n=
uclear
medicine: SPECT, PET, …)
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- General purpose simulation codes (GEANT4, EGS4, MCNP…)
- J wide=
range
of physics
- J wide
community of developers and users
- J docu=
mentation,
maintenance and support
- L comp=
lexity
- L spee=
d
- Dedicated simulation codes (PETsim, SimSET, Eidolon,…)
- J optimized for n=
uclear
medical imaging applications (geometry, physics...)
- J ease of use and=
fast
development
- L mai=
ntenance,
upgrades
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- Realistic modelisation of PET/SPECT experiments
- modelisation of detectors, sources, patient
- movement (detector, patient)
- time-dependent processes (radioactive decay, movement management,
biological kinetics)
- Ease-of-use
- Fast
- Long-term availability, support and training
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- Simulation of a small animal imaging gamma camera
- CsI(Tl) crystal array coupled to a PSPMT
- Small animal imaging (study of new radiopharmaceuticals)
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- Simulation en imagerie nucléaire
- Accélération des calculs
- Partage de données simulées
- Simulation en radiothérapie
- Idem
- Etendre l’utilisation de codes Monte-Carlo pour le calcul de
dépôt de doses, beaucoup plus précis que les co=
des
analytiques
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- le plus simple : chaque acquisition est envoyée sur un proces=
seur
différent
- moins simple : pour une acquisition donnée, diviser le nombre
total d’évènements par le nombre de processeurs,
envoyer en parallèle les jobs avec des générate=
urs
random différents (GS) et concaténer le fichier de sor=
tie
- plus complexe : lorsque l’on fait bouger le détecteur e=
t/ou
le fantôme, envoyer chaque run sur des processeurs
différents
- encore plus complexe : paralléliser GEANT4, i.e traiter en
parallèle plusieurs particules sur plusieurs processeurs
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- Mise en œuvre
- Faut-il tout transporter entre les nœuds ?
- Exécutable
- Fichiers d’entrées
- Fichiers de sortie
- Vaut-il mieux pré-installer le code sur les noeuds ?
- Attention à
- L’introduction de biais par la parallélisation
- …
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- Banc-test de DataGrid
- Grille LOcale Pluridisciplinaire en Auvergne
- Ciment-GRID ?
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- Bio-informatics
- Phylogenetics : BBE Lyon (T. Sylvestre)
- Search for primers : Centrale Paris (K. Kurata)
- Statistical genetics : CNG Evry (N. Margetic)
- Bio-informatics web portal : IBCP (C. Blanchet)
- Parasitology : LBP Clermont, Univ B. Pascal (N. Jacq)
- Data-mining on DNA chips : Karolinska, LIMOS (R. Médina, R.
Martinez)
- Geometrical protein comparison : Univ. Padova (C. Ferrari)
- Medical imaging
- MR image simulation : CREATIS (H. Benoit-Cattin)
- Medical data and metadata management : CREATIS (J. Montagnat)
- Mammographies analysis ERIC/Lyon 2 (S. Miguet, T. Tweed)
- Simulation platform for PET/SPECT based on Geant4 : GATE collaborat=
ion
(L. Maigne)
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- DataGrid (2001-2004)
- Version 2 du middleware, nouvelles fonctionnalités
- GLOP (2003-2006)
- Début 2003 : noeuds de grille à l’IUT (LLAIC1),
l’ISIMA(Pôle Modélisation) et au LPC
- Extension de la grille corrélée à
l’évolution de la technologie
- Calendrier du déploiement de GATE
- Installation de GATE sur des nœuds GLOP et DataGrid (Jan 2003)=
- Validation d’une application en curiethérapie (Feb-Mar
2003)
- Déploiement sur grille (Avril-Sept 2003)
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